Captura y muerte de José María Morelos

Después de su retirada del cerro del Cóporo, Iturbide incursionó sin éxito en Michoacán en busca de los miembros del Congreso de Anáhuac. Al retirarse pasó por Pátzcuaro, en donde aprehendió a Bernardo Abarca y lo mandó fusilar en Tzintzuntzan. Para vengar la muerte de este último, el doctor José María Cos tomó las armas, uniéndose a los grupos insurgentes de Vargas y Carvajal, sin embargo, violaba el artículo constitucional que prohibía a los miembros del Ejecutivo realizar estas acciones. El Congreso lo conminó a regresar a su puesto, pero lejos de obedecer, el doctor Cos publicó en Zacapu un manifiesto expresando su inconformidad al respecto de las políticas adoptadas por dicho organismo, entre ellas la de que sus miembros no habían sido elegidos de forma popular y que estos buscaban ayuda militar en el extranjero comprometiendo la religión y la honra nacional. Por otra parte, declaró que los congresistas habían maniatado a los jefes militares insurgentes, cuestionando a cada paso sus acciones. En consecuencia, el Congreso ordenó a José María Morelos arrestarlo, Cos fue sentenciado a muerte por su desacato, pero sobre la base de sus méritos y a solicitud de José María Izazaga, se le conmutó la pena a prisión perpetua. "Los hombres de leyes y los hombres de armas no llegaron a entenderse. Las divergencias que se dieron entre el poder legislativo y el ejecutivo se acentuaron con el paso del tiempo". En Puruarán, el 14 de julio de 1815, Morelos dirigió una carta al presidente de Estados Unidos, James Madison, solicitándole el reconocimiento de la independencia y el beneplácito para el recibimiento de un embajador enviado por los insurgentes:

«Los desastres que traen consigo las alternativas de la guerra, y que en alguna vez nos ha precipitado nuestra misma inexperiencia, jamás han abatido nuestros ánimos, sino que, sobreponiéndonos constantemente a las adversidades e infortunios, hemos sostenido por cinco años nuestra lucha, convenciéndonos prácticamente de que no hay poder capaz de sojuzgar a un pueblo determinado a salvarse de los horrores de la tiranía…[…]…Nuestro sistema de gobierno, habiendo comenzado, como era natural, por los más informes rudimentos, se ha ido perfeccionando sucesivamente, según que lo han permitido las turbulencias de la guerra y hoy se ve sujeto a una Constitución cimentada en máximas a todas luces liberales y acomodada en cuanto ha sido posible al genio, costumbres y hábitos de nuestros pueblos, no menos que a las circunstancias de la revolución nos ha impuesto. Con el transcurso del tiempo, recibirá modificaciones y mejoras a medida que nos ilustre y nos enseñe la experiencia; pero nunca nos desviaremos una sola línea de los principios esenciales que constituyen la verdadera libertad civil.»

Este es un fragmento de la carta que fue dirigida a James Madison, fue escrita por José María Morelos el 14 de Julio de 1815.

Los miembros del Congreso consideraron que no se encontraban seguros en Michoacán debido al asedio que sufrían constantemente. Adicionalmente esperaban recibir noticias de José Manuel de Herrera, quien había sido enviado a los Estados Unidos como ministro plenipotenciario. Por estas razones decidieron trasladarse a Tehuacán. A manera de previsión política, nombraron un Junta Subalterna de Gobierno para ejercer acción en las provincias occidentales de Texas. El 29 de septiembre de 1815, el Congreso salió de Uruapan. Morelos planeó la protección de la expedición, dispuso que Nicolás Bravo se situara en Huetamo, Vargas en Tenancingo, Guerrero en Temalaca, y designó a José María Lobato como escolta del Congreso. Al enterarse de este traslado, Calleja designó al teniente coronel Manuel de la Concha para interceptar la caravana. El 5 de noviembre en una avanzada, Morelos, Lobato y Bravo enfrentaron a las fuerzas realistas en la Batalla de Temalaca. Los congresistas pudieron evadirse del lugar, pero durante la acción Morelos fue aprehendido por el ex insurgente Matías Carrasco. Nicolás Bravo se puso al frente del resto de la tropa, pero los diputados le quitaron el mando militar. Manuel Mier y Terán tomó la decisión de disolver el Congreso bajo los mismos argumentos que había empleado el doctor Cos. Esta decisión solamente fue apoyada con reservas por Francisco Osorno, quien se encontraba en Apan. Nicolás Bravo enfadado por la determinación se dirigió a Veracruz, Guadalupe Victoria se trasladó a Ajuchitlán y Vicente Guerrero a Acatlán.

Morelos fue llevado a la Ciudad de México. El 27 de noviembre el tribunal de la Inquisición lo declaró "hereje formal negativo, fautor de herejes, perseguidor y perturbador de los santos sacramentos, cismático, lascivo, hipócrita, enemigo irreconciliable del cristianismo, traidor a Dios, al Rey y al Papa". El obispo de Oaxaca, Antonio Bergosa y Jordán, realizó la degradación canónica. Por órdenes del virrey Calleja, el 22 de diciembre de 1815, Morelos fue fusilado en San Cristóbal Ecatepec.